公积金还房贷时余额不足只扣一部分怎么办

1、进行主动还款操作：公积金贷款还款日当天，如果系统只扣除了待还款金额的一部分，那么剩余待还款的部分金额用户可以选择主动还款。由于系统发起自动扣款后，扣款资金不满足本期应扣款金额，系统并不会立即发起第二次扣款。在系统发起第二次扣款之前，用户可以选择主动还款。主动还款的好处在于可以在系统自动扣款之前完成还款，这样可以确保本期公积金贷款按时还款。

2、等待系统自动扣款：系统在公积金贷款还款日当天会发起多次扣款，每次扣款会间隔一定的时间。首次发起扣款，系统只扣除了部分还款金额，那么间隔一段时间后系统会发起第二次扣款。用户可以选择将剩余待还款的部分金额存入银行卡中，之后耐心等待系统发起自动扣款。只要用户的还款银行卡状态正常，那么系统可以成功扣款。扣款成功后，用户的银行卡余额会发生变化，用户可以通过查询银行卡余额来了解是否扣款成功。

公积金里面的钱可以还房贷，有以下三种方式：

1、一次性还款法，意思就是从住房公积金账户中提取公积金款项，一次性归还贷款。

2、停止还贷若干月法，意思是从公积金账户里提取余额，提前归还贷款。提前还贷以后，借款人可以停止还贷若干个月(停止还贷的时间不可以超过十二个月)，停止还贷期结束以后，借款人需要继续按月进行还款。停还期的欠息是不收罚息，也不计复利的，欠息在停还期结束以后的每月还款中逐月进行扣还。

3、逐月还款法，意思是每个月直接从公积金账户中提取公积金进行还贷。提取的住房公积金款项不足时，借款人需要及时补足还款款项。